Действие происходит все в тех же странах, почти с теми же героями.

Конохакагуре но Сато
Прошло 2 года с тех пор, как на Коноху напал Пейн, а позже Саске. В ходе боя Наруто убил главу Акацки (точнее, все так думают). В результате сражения с лучшим другом полдеревни превратилось в руины, многие шиноби погибли. Саске и Наруто были полностью истощены долгой битвой, поэтому первый покинул Коноху, а второй, получив серьезные травмы, оказался на больничной койке.
Все в деревни заняты своим делом. Каждый шиноби стал превосходным ниндзя и мастером в какой-либо области применения дзютсу.
Сейчас Наруто продолжает свои тренировки, начинает обучать Конохомару и все-таки надеется вернуть Саске.
Сакура становится специалистом в области медицинского дзютсу, обучает ему несколько юных шиноби. Естественно,  она тоже надеется на возвращение Саске, но с каждым годом желание дать ему по роже при встрече становится сильнее и сильнее.
Шикамару приглашают на службу в АНБУ, но он отказывается по известной все причине – ему в лом. Занимается обычными миссиями.
Ино, так же получившая звание медика-профессионала, и Чоджи готовят Коноху к очередным экзаменам Чунина.
Нейджи становится сенсеем одной из команд-выпускников академии.
Ли и Тен-Тен выполняют различные миссии на благо деревни.
Тсунаде попивает саке, подписывает документы, раздает указания и дрыхнет на столе.
Шизуне пытается заставить Хокаге-сама работать.
Вроде бы все в порядке, но это далеко не так.
За эти два года шиноби Конохи были наняты для доставки Хвостатых в родные страны.  Киба, Хината и Шино отправились на миссию по доставке Двухвостого. Во время этой миссии на команду нападают неизвестные личности. В результате боя Биджуу потеряно. Одно это означает вызов странам, владеющим хвостатыми.
А через пару дней после происшествия из Суны приходит тревожное сообщение о том, что граница страны Ветра и Огня атакована невероятно подготовленной армией, которая стремится проникнуть в деревню Песка. Часть шиноби Конохи (среди них Ино, Чоджи и Шикамару) отправлены на подмогу.
Но никто не подозревает, что на деревню Листа также готовится нападение.
Между тем отделение АНБУ «КОРЕНЬ» снова строят козни против Саске, считая его не бывшим шиноби Конохи, а просто угрозой деревне.

Сунакагуре но Сато
За два года ничего особенного не произошло. Песку вернули Однохвостого, но запечатывать снова не стали. Биджуу хранится в храме за семью замками.
Гаара по-прежнему Казекаге. Темари взяла под крыло команду выпускников академии. Канкуро занимается в основном внешними делами Суны.
Но однажды граница страны Ветра и Огня подвергается нападению. Вражеские шиноби подходят к деревне Песка.

Акацуки
Все думали, что организации давно нет в природе, но ошибались. Пейн все-таки выжил после нападения на Коноху и, вернувшись, распустил оставшихся Акацук на два года. За это время Конан и Пейн ищут новых членов и им это удается (также делают предложение о вступлении в банду Саске, но тот отказывается). Собрав свои силы, Акацки начинают вновь действовать. Они отправляют часть своих шиноби (надо сказать – настоящие профи) в Суну, чтобы захватить Биджуу и для того, чтобы отвлечь Коноху, нападение на которую давно спланировано.

Отокагуре но Сато/Ястреб
Саске возвращается в Ото. С помощью Сайгецу, Джуго и Карин, Саске основывает новую деревню, о существовании которой не знает никто, кроме Акацук. Саске, затаив ненависть против Конохи (имеется в виду то, что Третий Хокаге приказал вырезать клан Учиха), собирает свою команду высококлассных шиноби для уничтожения деревни. Саске и Акацки находятся в далеко не дружеских отношениях, поскольку каждый хочет добраться до Конохи первым.